歷史上，叔孫通是個飽受爭議的人物，原因就在于他的善變。
　　
　　叔孫通曾在秦二世朝中為官，陳勝起義，二世召人議論此事。大家都說是造反，秦二世一聽就發了火，臉都變了色。這時叔孫通走上前去說：“當今有賢明的君主君臨天下，給下面制定了完備的法令，使人人遵法守職，四方八面都歸附朝廷，哪有敢造反的！這只是一伙盜賊行竊罷了，何足掛齒。郡官們正在搜捕他們治罪論處，不值得憂患。”秦二世這才轉怒為喜。事后儒生中凡說是造反的都交給官吏治罪，凡是說是盜賊的都免掉職務，唯獨賜給叔孫通二十匹帛，并授給他博士職位。叔孫通的所為引起了儒生們的憤怒，紛紛罵他“阿二世”，叔孫通面對責問，只是說：“各位不知道啊，我幾乎逃不出虎口！”此后他便匆匆逃出都城，投靠了項梁，后又先后跟隨過楚懷王熊心、西楚霸王項羽，最后投降了漢王劉邦。
　　
　　到了西漢，叔孫通卻像變了一個人。前195年，漢高帝劉邦因為寵愛戚夫人，打算讓與其所生的兒子劉如意代替太子。時任太子太傅的叔孫通聽說此事，立刻勸諫道：“從前遠有晉獻公、近有秦始皇都因為廢立太子不當而致天下大亂，自取滅亡。現在太子仁義忠孝，是天下人都知道的；呂后與陛下患難與共，怎么可以背棄她呢？”說到激動處，他竟以頭搶地：“陛下一定要廢掉嫡長子而扶立小兒子，我寧愿先受一死，讓我的一腔鮮血染紅大地。”劉邦見此情形，退讓說：“您算了吧，我只不過是隨便文案罷了。”叔孫通卻不依不饒：“太子是天下的根基，根一動搖，天下就會震蕩起來，怎么能拿天下的根基之事作為戲言來說呢？”劉邦沒辦法，只得正色回答說：“我聽從您的意見。”
　　
　　面對善變的質疑，叔孫通笑著回應說：“你們真是鄙陋的儒生啊，一點也不懂時世的變化。”
　　
　　司馬遷在《史記》中稱贊叔孫通說：“大直若詘，道固委蛇，蓋謂是也。”意思是說，最正直的人外表反似委曲隨和，事理本來就是曲折向前的。在堅硬的社會現實面前，有時候轉個彎，會更好地抵達目的地。